日本對虛擬資產交易平台實施牌照管理的歷史，比其他任何主要市場都長：「資金結算法」的登記制度始於2017年，在Coincheck遭駭事件後增訂冷儲存及資產分離要求而趨於嚴格，並由自律組織JVCEA提供支撐。2022年的穩定幣修正案自2023年6月起生效，將與法定貨幣掛鉤之穩定幣的發行限於銀行、信託公司及持牌資金移動業者，使日本成為首個設有專門發行人制度的G7國家；此後已有信託型日圓及外幣穩定幣依此制度推出。
重新分類已完成立法。日本國會於2026年7月15日通過「金融商品交易法」及「資金結算法」修正案，將虛擬資產由支付工具改列為金融商品，增訂內線交易禁令及發行人與交易平台的定期揭露義務，並就未登記經營訂定最高十年監禁或1,000萬日圓罰款的罰則。上述修正預計於2027年生效；另有一套稅制框架將自2028年起，把虛擬資產收益的稅率由最高55%調降為單一稅率20%。槓桿上限、上架審查及旅行規則合規等要求，已依現行框架適用。
相關法律文件
「資金結算法」：虛擬資產交易平台登記
已生效2009年法律第59號，經2016年／2019年修正
虛擬資產交易平台業者須向日本金融廳登記：須分離保管客戶資產、以冷儲存保管多數資產、進行上架審查、建立防制洗錢計畫並接受年度審計。2019年修正增列純託管服務，並將虛擬資產衍生性商品移至「金融商品交易法」（FIEA）規範。
罰則風險。未登記經營交易平台業務屬刑事犯罪，可處監禁及罰款；日本金融廳並會發布業務改善命令及停業命令。
穩定幣制度（電子支付手段）
已生效「資金結算法」修正案，2022年法律第61號，2023年6月生效
參照法定貨幣的穩定幣屬「電子支付手段」，僅銀行、信託公司及已登記的資金移動業者可以發行，並保證按面值贖回；經手此類穩定幣的中介機構須另行登記。
罰則風險。無牌發行或中介，依「資金結算法」須負刑事責任。
重新分類虛擬資產的「金融商品交易法」及「資金結算法」修正案
已通過，尚未生效修正法案於2026年7月15日經國會通過；預計2027年生效
依「金融商品交易法」將虛擬資產歸類為金融商品，引進內線交易及市場操縱規則，並要求發行人及交易平台定期揭露；將未登記經營的最高刑罰提高至十年或1,000萬日圓，並排除現貨虛擬資產ETF的一項法律障礙。另有框架自2028年起對虛擬資產收益改採單一20%稅率。
罰則風險。生效後，內線交易及未登記經營將適用「金融商品交易法」的刑事罰則，最高可處十年監禁。